Se há algum filtro que você deseja carregar em cada chamada de template, você pode especificar-lhes usando essa variável e a Smarty irá automaticamente carregá-los para você. A variável é um array associativo onde as chaves são tipos de filtro e os valores são arrays de nomes de filtros. Por exemplo:

$smarty->autoload_filters = array('pre' => array('trim', 'stamp'),
                                  'output' => array('convert'));